בדיקת דופלר אגן היא חלק מבדיקת האולטרסאונד הגינקולוגי ובדיקת האנדומטריוזיס. הבדיקה נותנת מידע נוסף אודות הזרימה באיברים הנבדקים. הבדיקה משמשת לסיוע באבחנה בין איברים כמו כלי דם בהם קיימת זרימה.

הבדיקה מתבצעת בגישה בטנית או וגינלית לפי הצורך ומוסיפה עוד כ 5-10 דקות למשך הבדיקה הכוללת.

יש אפשרות לבצע בדיקת דופלר צבע כחלק מההערכה בהתאם לצורך ולממצאים הנצפים. בדיקה זו עוקבת אחר זרימת הדם בכלי הדם של האיברים הניצפים באמצעות טכניקת צבע.